公司名稱糾紛應按下列方式予以處理：
1、當事人可以向工商行政管理機關申請處理，也可以向人民法院起訴；
2、請求工商行政管理機關處理名稱爭議時，應當提交申請書、申請人的資格證明、舉證材料等文件。法律依據：《企業名稱登記管理實施辦法》第四十一條 已經登記注冊的企業名稱，在使用中對公眾造成欺騙或者誤解的，或者損害他人合法權益的，應當認定為不適宜的企業名稱予以糾正。 第四十二條 企業因名稱與他人發生爭議，可以向工商行政管理機關申請處理，也可以向人民法院起訴。 第四十三條 企業請求工商行政管理機關處理名稱爭議時，應當向核準他人名稱的工商行政管理機關提交以下材料： （一）申請書； （二）申請人的資格證明； （三）舉證材料； （四）其他有關材料。 申請書應當由申請人簽署并載明申請人和被申請人的情況、名稱爭議事實及理由、請求事項等內容。 委托代理的，還應當提交委托書和被委托人資格證明。