工程結算糾紛的處理，以預算部為主，其它部門配合完成。

預算部將結算資料交由相關成本控制人員進行資料符合性審核，針對資料的完整性，真實性，合理性，合法性進行詳盡認真的審核，對于不符合要求，需要進一步補充的結算資料，通知工程部在要求的時間內整改，補充。預算部根據經符合性審核后的結算資料，收集相關審核依據資料。

預算部專業審核人員根據完整的，符合要求的結算資料進行結算審核工作，任何部門及人員不得以任何理由無理干涉結算審核工作，以免影響結算審核的客觀真實性，公正性，合法性與合理性，在結算審核過程中，根據結算審核工作需要由相關部門，人員，進行配合的，相關部門，人員應積極配合，不得以任何理由拒絕，推諉，否則承擔相應責任。

結算經過初審后，進行全面，詳細復核，調整，使結算符合客觀事實，做到真實，精確，科學合理，公正合法。

法律依據：

《最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第十六條

當事人對建設工程的計價標準或者計價方法有約定的，按照約定結算工程價款。

因設計變更導致建設工程的工程量或者質量標準發生變化，當事人對該部分工程價款不能協商一致的，可以參照簽訂建設工程施工合同時當地建設行政主管部門發布的計價方法或者計價標準結算工程價款。

建設工程施工合同有效，但建設工程經竣工驗收不合格的，工程價款結算參照本解釋第三條規定處理。