合作醫(yī)療報銷主要有以下幾種方法：第一、本地醫(yī)療卡直接在辦理出院手續(xù)結賬時刷卡結算；第二、異地醫(yī)療，出院后攜帶相關證件去報銷；第三、特殊病種門診報銷，出具相關檢查報告資料以及《新農合特殊病種門診治療審批表》向新農合業(yè)管中心提出申請，經過審核批準后，其門診醫(yī)藥費用可以列入到新農合的報銷范圍內。

《中華人民共和國城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險條例》第四十四條 病人使用個人帳戶時，可以在任何一個定點醫(yī)療機構和定點藥店就醫(yī)、購藥。醫(yī)療費用按規(guī)定由統(tǒng)籌基金支付的，病人應當到指定的定點醫(yī)療機構就醫(yī)。

第四十七條 基本醫(yī)療服務項目的收費標準由省勞動保障和價格管理部門會同衛(wèi)生行政、財政等部門制定和修訂，并報省政府批準。基本醫(yī)療保險藥品價格，應當符合國家有關藥品定價的規(guī)定。違反基本醫(yī)療服務項目收費標準和藥品價格規(guī)定的，基本醫(yī)療保險基金各帳戶不支付超標準的醫(yī)療費。