工程轉包糾紛的處理如下：施工完畢且驗收合格的可以按照合同約定價款或者按照實際結算，價款差額不予支付；施工完畢但驗收不合格的經修復驗收合格按照上述辦法結算，經修復驗收不合格不予支付；尚未施工完畢合同被確認無效的應當停止施工，視已經完成的工程量是否合格依據上述辦法結算。

法律依據：

《民法典》第七百九十三條

建設工程施工合同無效，但是建設工程經驗收合格的，可以參照合同關于工程價款的約定折價補償承包人。建設工程施工合同無效，且建設工程經驗收不合格的，按照以下情形處理：

（一）修復后的建設工程經驗收合格的，發包人可以請求承包人承擔修復費用；

（二）修復后的建設工程經驗收不合格的，承包人無權請求參照合同關于工程價款的約定折價補償。

發包人對因建設工程不合格造成的損失有過錯的，應當承擔相應的責任。