工程款的支付一般分為兩個流程，預付款支付流程和進度款支付流程。預付款一般的支付流程是施工單位提交《預付款支付申請表》給預算專員，預算辦根據合同約定的預付比例審核預付款，簽署申請表然后交給財務部;財務部復核后，交給總經理和董事長審批，然后將審批通過的申請表交給出納安排付款。工程進度款的支付流程比預付款稍微復雜，通常是施工單位先向工程部提交《工程進度款支付申請表》，并附上已完工程的預算書;工程部審核當月完成的項目及相關工程量，審核完畢由工程部經理簽字后交到預算專員;預算專員審核已完工程量，并審核工程預算價，確定當月完成工程造價，根據合同約定，審批工程款，預算專員簽字確認;之后，預算專員將簽字確認的申請表上交財務部審核。財務部審核無誤后，將申請表交由總經理和董事長審批;施工單位根據審核審批通過的申請表中的金額開具發票;施工單位將審核審批通過的申請表以及相同金額的發票上交到財務部，財務部再次復核申請表的金額是否與發票金額一致，以及核對發票的各項內容后，交到出納處辦理該款項的轉付。

法律依據：

《中華人民共和國合同法》第二百七十九條

建設工程竣工后，發包人應當根據施工圖紙及說明書、國家頒發的施工驗收規范和質量檢驗標準及時進行驗收。驗收合格的，發包人應當按照約定支付價款，并接收該建設工程。