商業秘密保護與競業禁止的關系是，用人單位與勞動者可以同時在勞動合同中約定商業秘密保護與競業禁止。但是保護期限一般不同，商業秘密保護一般止于勞動合同終止時，而競業禁止期限可以在勞動合同終止后最長兩年內再終止。

《中華人民共和國勞動合同法》

第二十二條 用人單位為勞動者提供專項培訓費用，對其進行專業技術培訓的，可以與該勞動者訂立協議，約定服務期。勞動者違反服務期約定的，應當按照約定向用人單位支付違約金。違約金的數額不得超過用人單位提供的培訓費用。用人單位要求勞動者支付的違約金不得超過服務期尚未履行部分所應分攤的培訓費用。

第二十三條 用人單位與勞動者可以在勞動合同中約定保守用人單位的商業秘密和與知識產權相關的保密事項。對負有保密義務的勞動者，用人單位可以在勞動合同或者保密協議中與勞動者約定競業限制條款，并約定在解除或者終止勞動合同后，在競業限制期限內按月給予勞動者經濟補償。勞動者違反競業限制約定的，應當按照約定向用人單位支付違約金。