建設工程合同糾紛的處理流程如下：
1、當事人自行協商；
2、協商不成的，可以依法向法院起訴或申請仲裁；
3、由法院或仲裁機構審理，并進行調解；
4、調解不成的，及時作出相應的裁決。法律依據：《中華人民共和國民事訴訟法》第九十三條 人民法院審理民事案件，根據當事人自愿的原則，在事實清楚的基礎上，分清是非，進行調解。 第九十九條 調解未達成協議或者調解書送達前一方反悔的，人民法院應當及時判決。 第一百一十九條 起訴必須符合下列條件： （一）原告是與本案有直接利害關系的公民、法人和其他組織； （二）有明確的被告； （三）有具體的訴訟請求和事實、理由； （四）屬于人民法院受理民事訴訟的范圍和受訴人民法院管轄。 第一百二十條 起訴應當向人民法院遞交起訴狀，并按照被告人數提出副本。 《中華人民共和國仲裁法》第四條 當事人采用仲裁方式解決糾紛，應當雙方自愿，達成仲裁協議。沒有仲裁協議，一方申請仲裁的，仲裁委員會不予受理。