建設(shè)工程合同糾紛的處理流程如下：
1、當(dāng)事人自行協(xié)商；
2、協(xié)商不成的，可以依法向法院起訴或申請(qǐng)仲裁；
3、由法院或仲裁機(jī)構(gòu)審理，并進(jìn)行調(diào)解；
4、調(diào)解不成的，及時(shí)作出相應(yīng)的裁決。法律依據(jù)：《中華人民共和國(guó)民事訴訟法》第九十三條 人民法院審理民事案件，根據(jù)當(dāng)事人自愿的原則，在事實(shí)清楚的基礎(chǔ)上，分清是非，進(jìn)行調(diào)解。 第九十九條 調(diào)解未達(dá)成協(xié)議或者調(diào)解書(shū)送達(dá)前一方反悔的，人民法院應(yīng)當(dāng)及時(shí)判決。 第一百一十九條 起訴必須符合下列條件： （一）原告是與本案有直接利害關(guān)系的公民、法人和其他組織； （二）有明確的被告； （三）有具體的訴訟請(qǐng)求和事實(shí)、理由； （四）屬于人民法院受理民事訴訟的范圍和受訴人民法院管轄。 第一百二十條 起訴應(yīng)當(dāng)向人民法院遞交起訴狀，并按照被告人數(shù)提出副本。 《中華人民共和國(guó)仲裁法》第四條 當(dāng)事人采用仲裁方式解決糾紛，應(yīng)當(dāng)雙方自愿，達(dá)成仲裁協(xié)議。沒(méi)有仲裁協(xié)議，一方申請(qǐng)仲裁的，仲裁委員會(huì)不予受理。