建設工程合同糾紛處理的流程如下：
1、按照法定的招投標和承發包程序進行；
2、建設前期加強立項管理；
3、加強合同和信息管理；
4、嚴格進行工程變更把關；
5、加強隱蔽工程的檢查驗收；
6、及時解決工程中的索賠問題；
7、結算時，力爭不漏算；
8、進一步規范業主、承包商、政府行政管理部門的行為。法律依據：《民法典》第七百八十八條 建設工程合同是承包人進行工程建設，發包人支付價款的合同。 建設工程合同包括工程勘察、設計、施工合同。 第七百八十九條 建設工程合同應當采用書面形式。 第七百九十條 建設工程的招標投標活動，應當依照有關法律的規定公開、公平、公正進行。 第七百九十一條 發包人可以與總承包人訂立建設工程合同，也可以分別與勘察人、設計人、施工人訂立勘察、設計、施工承包合同。發包人不得將應當由一個承包人完成的建設工程支解成若干部分發包給數個承包人。