建設(shè)工程合同糾紛處理的流程如下：
1、按照法定的招投標(biāo)和承發(fā)包程序進(jìn)行；
2、建設(shè)前期加強(qiáng)立項(xiàng)管理；
3、加強(qiáng)合同和信息管理；
4、嚴(yán)格進(jìn)行工程變更把關(guān)；
5、加強(qiáng)隱蔽工程的檢查驗(yàn)收；
6、及時(shí)解決工程中的索賠問(wèn)題；
7、結(jié)算時(shí)，力爭(zhēng)不漏算；
8、進(jìn)一步規(guī)范業(yè)主、承包商、政府行政管理部門(mén)的行為。法律依據(jù)：《民法典》第七百八十八條 建設(shè)工程合同是承包人進(jìn)行工程建設(shè)，發(fā)包人支付價(jià)款的合同。 建設(shè)工程合同包括工程勘察、設(shè)計(jì)、施工合同。 第七百八十九條 建設(shè)工程合同應(yīng)當(dāng)采用書(shū)面形式。 第七百九十條 建設(shè)工程的招標(biāo)投標(biāo)活動(dòng)，應(yīng)當(dāng)依照有關(guān)法律的規(guī)定公開(kāi)、公平、公正進(jìn)行。 第七百九十一條 發(fā)包人可以與總承包人訂立建設(shè)工程合同，也可以分別與勘察人、設(shè)計(jì)人、施工人訂立勘察、設(shè)計(jì)、施工承包合同。發(fā)包人不得將應(yīng)當(dāng)由一個(gè)承包人完成的建設(shè)工程支解成若干部分發(fā)包給數(shù)個(gè)承包人。