企業處理債務糾紛的方式有：與債務人協商，要求其在合理期限內及時清償債務；根據仲裁協議向仲裁機構申請仲裁；或者依法向人民法院起訴，并提交起訴狀和相應的證據材料。法律依據：《中華人民共和國仲裁法》第二條 平等主體的公民、法人和其他組織之間發生的合同糾紛和其他財產權益糾紛，可以仲裁。 《中華人民共和國民事訴訟法》第一百二十條 起訴應當向人民法院遞交起訴狀，并按照被告人數提出副本。 第一百二十二條 當事人起訴到人民法院的民事糾紛，適宜調解的，先行調解，但當事人拒絕調解的除外。 第二百三十六條 發生法律效力的民事判決、裁定，當事人必須履行。一方拒絕履行的，對方當事人可以向人民法院申請執行，也可以由審判員移送執行員執行。 第二百四十二條 被執行人未按執行通知履行法律文書確定的義務，人民法院有權向有關單位查詢被執行人的存款、債券、股票、基金份額等財產情況。人民法院有權根據不同情形扣押、凍結、劃撥、變價被執行人的財產。