在行政訴訟期經過之后，法院應這樣處理案件：一方向法院提起訴訟的，法院要受理；另一方主張超過訴訟時效的，法院駁回原告的訴訟請求；另一方沒有主張超過訴訟時效的，法院按照正常的訴訟流程進行審理判決。過了行政訴訟期只是失去勝訴權，但還是有權起訴。法律依據：《中華人民共和國行政訴訟法》第四十六條 公民、法人或者其他組織直接向人民法院提起訴訟的，應當自知道或者應當知道作出行政行為之日起六個月內提出。法律另有規定的除外。 因不動產提起訴訟的案件自行政行為作出之日起超過二十年，其他案件自行政行為作出之日起超過五年提起訴訟的，人民法院不予受理。 《中華人民共和國民事訴訟法》第二百三十九條 申請執行的期間為二年。申請執行時效的中止、中斷，適用法律有關訴訟時效中止、中斷的規定。 前款規定的期間，從法律文書規定履行期間的最后一日起計算；法律文書規定分期履行的，從規定的每次履行期間的最后一日起計算；法律文書未規定履行期間的，從法律文書生效之日起計算。