水利工程質量事故的處理：采取必要的防護措施，防止事故進一步擴大；總監理工程師以《工程質量事故通知單》的形式通知施工單位，要求停工；施工單位進行質量事故調查，填寫調查報告報監理單位與工程部；組織事故原因分析會，追究相關責任人的責任；提出事故處理方案，填寫《工程質量事故處理報告》。

法律依據

《水利工程質量事故處理暫行規定》第三條

水利工程質量事故處理，除執行本規定外，還應執行國家有關規定。因質量事故造成人身傷亡的，還應遵從國家和水利部傷亡事故處理的有關規定。

第四條

發生質量事故，必須堅持"事故原因不查清楚不放過、主要事故責任者和職工未受到教育不放過、補救和防范措施不落實不放過"的原則，認真調查事故原因，研究處理措施，查明事故責任，做好事故處理工作。