建設工程合同糾紛案件的證據有：建筑公司工商登記資料；招標文件、中標通知書；建設工程施工合同、施工過程中增減工程量的補充合同；工程預、決算報告、支付工程款的付收款憑證；工程驗收、結算憑證、質檢報告等。

法律依據

《民事訴訟法》第六十三條

證據包括：

（一）當事人的陳述；

（二）書證；

（三）物證；

（四）視聽資料；

（五）電子數據；

（六）證人證言；

（七）鑒定意見；

（八）勘驗筆錄。

證據必須查證屬實，才能作為認定事實的根據。

第六十四條

當事人對自己提出的主張，有責任提供證據。當事人及其訴訟代理人因客觀原因不能自行收集的證據，或者人民法院認為審理案件需要的證據，人民法院應當調查收集。人民法院應當按照法定程序，全面地、客觀地審查核實證據。