扣減工程質保金的方式有：

一、最后一次付款時扣除質保金；

二、每次付款時扣除應付款金額乘以質保金的比例；

三、工程開始或結束時單獨收取質保金。

法律依據：

《建設工程質量保證金管理暫行辦法》第二條

本辦法所稱建設工程質量保證金（以下簡稱保證金）是指發包人與承包人在建設工程承包合同中約定，從應付的工程款中預留，用以保證承包人在缺陷責任期內對建設工程出現的缺陷進行維修的資金。缺陷是指建設工程質量不符合工程建設強制性標準、設計文件，以及承包合同的約定。缺陷責任期一般為1年，最長不超過2年，由發、承包雙方在合同中約定。

第七條

發包人應按照合同約定方式預留保證金，保證金總預留比例不得高于工程價款結算總額的3%。合同約定由承包人以銀行保函替代預留保證金的，保函金額不得高于工程價款結算總額的3%。