有兩套房不可以抵扣個稅。只有首套房房貸經夫妻雙方約定，可以選擇由其中一方扣除個稅，具體扣除方式在一個納稅年度內不能變更，兩套房的情況下不可以進行個稅抵扣。

《中華人民共和國稅收征收管理法》

第一條 為了加強稅收征收管理，規范稅收征收和繳納行為，保障國家稅收收入，保護納稅人的合法權益，促進經濟和社會發展，制定本法。

第二條 凡依法由稅務機關征收的各種稅收的征收管理，均適用本法。

第三條 稅收的開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅，依照法律的規定執行;法律授權國務院規定的，依照國務院制定的行政法規的規定執行。

任何機關、單位和個人不得違反法律、行政法規的規定，擅自作出稅收開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅和其他同稅收法律、行政法規相抵觸的決定。　

第四條 法律、行政法規規定負有納稅義務的單位和個人為納稅人。

法律、行政法規規定負有代扣代繳、代收代繳稅款義務的單位和個人為扣繳義務人。納稅人、扣繳義務人必須依照法律、行政法規的規定繳納稅款、代扣代繳、代收代繳稅款。