分居協議書是不一定需要公證的，由當事人自行決定即可。申請公證是請求公證機構對分居協議書的真實性、合法性予以證明，但是分居協議書如果是依法訂立的，不需要公證也有效。因此是否公證由當事人自主決定。法律依據：《中華人民共和國公證法》第二條 公證是公證機構根據自然人、法人或者其他組織的申請，依照法定程序對民事法律行為、有法律意義的事實和文書的真實性、合法性予以證明的活動。 第二十五條 自然人、法人或者其他組織申請辦理公證，可以向住所地、經常居住地、行為地或者事實發生地的公證機構提出。 申請辦理涉及不動產的公證，應當向不動產所在地的公證機構提出；申請辦理涉及不動產的委托、聲明、贈與、遺囑的公證，可以適用前款規定。 第二十七條 申請辦理公證的當事人應當向公證機構如實說明申請公證的事項的有關情況，提供真實、合法、充分的證明材料；提供的證明材料不充分的，公證機構可以要求補充。 公證機構受理公證申請后，應當告知當事人申請公證事項的法律意義和可能產生的法律后果，并將告知內容記錄存檔。