辦理建設工程土地使用證的程序是：土地使用人攜帶土地使用權登記申請書、個人身份證明或者戶籍證明、土地使用權來源證明向有關登記機關提出登記申請；土地管理機關勘查土地現場，進行權屬審核；初審、公告、復審、批準登記后頒發(fā)土地使用權證書。法律依據：《土地管理法實施條例》第三條 國家依法實行土地登記發(fā)證制度。依法登記的土地所有權和土地使用權受法律保護，任何單位和個人不得侵犯。土地登記內容和土地權屬證書式樣由國務院土地行政主管部門統(tǒng)一規(guī)定。土地登記資料可以公開查詢。 《民法典》第二百零九條　 不動產物權的設立、變更、轉讓和消滅，經依法登記，發(fā)生效力；未經登記，不發(fā)生效力，但是法律另有規(guī)定的除外。依法屬于國家所有的自然資源，所有權可以不登記。