辦理建設工程土地使用證的程序是：土地使用人攜帶土地使用權登記申請書、個人身份證明或者戶籍證明、土地使用權來源證明向有關登記機關提出登記申請；土地管理機關勘查土地現場，進行權屬審核；初審、公告、復審、批準登記后頒發土地使用權證書。法律依據：《土地管理法實施條例》第三條 國家依法實行土地登記發證制度。依法登記的土地所有權和土地使用權受法律保護，任何單位和個人不得侵犯。土地登記內容和土地權屬證書式樣由國務院土地行政主管部門統一規定。土地登記資料可以公開查詢。 《民法典》第二百零九條　 不動產物權的設立、變更、轉讓和消滅，經依法登記，發生效力；未經登記，不發生效力，但是法律另有規定的除外。依法屬于國家所有的自然資源，所有權可以不登記。