補充合同結算單價與主合同結算單價不一致的應由發、承包雙方應依照規定與文件協商處理。法律規定，工程價款結算應按合同約定辦理，合同未作約定或約定不明的，發、承包雙方應依照規定與文件協商處理。法律依據：《建設工程價款結算暫行辦法》第十條 （一）施工中發生工程變更，承包人按照經發包人認可的變更設計文件，進行變更施工，其中，政府投資項目重大變更，需按基本建設程序報批后方可施工。 （二）在工程設計變更確定后14天內，設計變更涉及工程價款調整的，由承包人向發包人提出，經發包人審核同意后調整合同價款。 （三）工程設計變更確定后14天內，如承包人未提出變更工程價款報告，則發包人可根據所掌握的資料決定是否調整合同價款和調整的具體金額。重大工程變更涉及工程價款變更報告和確認的時限由發承包雙方協商確定。