申請小作坊食品生產許可證時，首先要辦理公司登記，申辦個體工商戶的營業執照，并準備必要的設備、儀器。然后向當地的質監局提出申請，質監局受理申請后，將會派人到現場審核，并對食品進行抽檢。檢驗合格的樣品后，質監局就會發放食品生產許可證。

《食品流通許可證管理辦法》 第十條 申請領取《食品流通許可證》，應當提交下列材料：

1、《食品流通許可申請書》；

2、《名稱預先核準通知書》復印件；

3、與食品經營相適應的經營場所的使用證明；

4、負責人及食品安全管理人員的身份證明；

5、與食品經營相適應的經營設備、工具清單；

6、與食品經營相適應的經營設施空間布局和操作流程的文件；

7、食品安全管理制度文本；

8、省、自治區、直轄市工商行政管理局規定的其他材料。

申請人委托他人提出許可申請的，委托代理人應當提交委托書以及委托代理人或者指定代表的身份證明。