首先，帶著：門診病歷、住院病歷、出院小結、醫療明細、各種單據，回投保地醫保中心報銷。新農合都是先自費住院的。其次，住院當天(辦住院手續的時侯如果沒帶戶口本和農合本的話，可以先告訴醫生或者窗口，盡快給補上就可以)，他們要在電腦上登記的。之后出院就可以去報銷了。參合農民發生意外傷害，在市內新農合定點醫療機構住院治療的，患者本人或家屬在三天內提出意外傷害書面補償申請，并說明受傷原因及經過，連同相關資料送交醫院新農合結算處登記備查。最后，醫院新農合結算處對意外傷害住院患者進行現場調查和初步核實，符合新農合報銷范圍的在《登記表》和“補償申請”上簽署意見并蓋章。

《中華人民共和國社會保險法》

第五條 縣級以上人民政府將社會保險事業納入國民經濟和社會發展規劃。國家多渠道籌集社會保險資金。縣級以上人民政府對社會保險事業給予必要的經費支持。

第二十四條 國家建立和完善新型農村合作醫療制度。新型農村合作醫療的管理辦法，由國務院規定。”第八十三條規定，“個人對社會保險經辦機構不依法辦理社會保險登記、核定社會保險費、支付社會保險待遇、辦理社會保險轉移接續手續或者侵害其他社會保險權益的行為，可以依法申請行政復議或者提起行政訴訟。