(1)不起訴是在犯罪嫌疑人沒有構成犯罪或者雖然構成犯罪，但依照法律規定不應追究刑事責任的情況下，才可以使用;免予起訴是被告人的行為已經構成犯罪，在應負刑事責任的前提下，只是由于刑法規定不需要判處刑罰或可以免除刑罰的情況下才可以使用。

(2)不起訴是有明確的法律規定的，只要存在法律上規定的不追究刑事責任的情形之一時，人民檢察院就應作出不起訴的決定;免予起訴的適用，需由人民檢察院根據案件的具體情況，斟酌法律上的規定作出具體決定。

不起訴是指人民檢察院對公安機關偵查終結移送起訴的案件，經審查認為犯罪嫌疑人不構成犯罪或者依法不應追究其刑事責任，從而決定不向人民法院起訴的一種決定。由于免予起訴的取消，對于其適用的對象，則擴充到不起訴中來。根據刑事訴訟法第16條規定，不起訴決定的適用范圍是：

(1)情節顯著輕微，危害不大，不認為是犯罪的;

(2)犯罪已過追訴時效期限的;

(3)經特赦令免除刑罰的;

(4)依照刑法告訴才處理的犯罪，沒有告訴或者撤回告訴的;

(5)犯罪嫌疑人死亡的;

(6)其他法律規定免予追究被告人的刑事責任的。凡是不起訴的案件.應制作不起訴決定書。

免予起訴是檢察機關對雖構成犯罪，但依法不需要判處刑罰或者可以免除刑罰的被告人作出的免予追究刑事責任的決定。根據原刑事訴訟法的規定：免予起訴僅適用于同時具備以下條件的被告人：

(1)被告人的行為觸犯了刑法，已構成犯罪;(2)具有刑法規定的不需要判處刑罰或免除刑罰的情節。

《中華人民共和國刑事訴訟法》

第一百七十三條 犯罪嫌疑人沒有犯罪事實，或者有本法第十五條規定的情形之一的，人民檢察院應當作出不起訴決定。對于犯罪情節輕微，依照刑法規定不需要判處刑罰或者免除刑罰的，人民檢察院可以作出不起訴決定。

第十五條 有下列情形之一的，不追究刑事責任，已經追究的，應當撤銷案件，或者不起訴，或者終止審理，或者宣告無罪：(一)情節顯著輕微、危害不大，不認為是犯罪的;(二)犯罪已過追訴時效期限的;(三)經特赦令免除刑罰的;(四)依照刑法告訴才處理的犯罪，沒有告訴或者撤回告訴的;(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;(六)其他法律規定免予追究刑事責任的。