城市道路限速40開60的是會被扣分的。限速40開60的，屬于超速百分之五十，根據(jù)《道路交通安全違法行為記分分值》的規(guī)定，駕駛其他機動車行駛超過規(guī)定時速50%以上的，一次扣12分。

法律依據(jù)：

《道路交通安全違法行為記分分值》第一條

機動車駕駛?cè)擞邢铝羞`法行為之一，一次記12分：

（九）駕駛中型以上載客載貨汽車、校車、危險物品運輸車輛在高速公路、城市快速路上行駛超過規(guī)定時速20％以上或者在高速公路、城市快速路以外的道路上行駛超過規(guī)定時速50％以上，以及駕駛其他機動車行駛超過規(guī)定時速50%以上的。

第二條

機動車駕駛?cè)擞邢铝羞`法行為之一，一次記6分：

（五）駕駛中型以上載客載貨汽車、校車、危險物品運輸車輛在高速公路、城市快速路以外的道路上行駛或者駕駛其他機動車行駛超過規(guī)定時速20%以上未達到50%的。