工程欠款是指發包方應當按照約定或法律規定支付工程預付款或按工程進度支付進度款而未支付，對承包方所形成的欠款，該行為屬于違約行為;所謂墊資，是指發包方和承包方通過書面形式約定發包方支付部分或不支付任何款項，由承包方先行墊資施工，墊資一定是雙方真實意思表示，并且在施工合同中應當明確約定。

鑒于工程欠款屬于發包人的違約行為，因此具有懲罰性，墊資是發包人和承包人協商一致的產物，更加注重雙方之間的合意。兩者最主要的區別體現在：對于墊資，首先當事人是否約定是墊資，如果約定是墊資就按墊資來處理，這時可以請求返還墊資，如果對墊資還約定有利息的，也可請求支付利息，但是約定的利息計算標準高于同期同類貸款利率的部分除外。如果對墊資沒有約定利息的，是不能要求支付墊資利息的。如果當事人對墊資沒有約定的，就按工程欠款來處理。對于工程欠款，無論是否約定有利息，都是要支付利息的，沒有約定的按照中國人民銀行發布的同期同類貸款利率計息，約定的按約定處理，這時約定的利息計算標準也不再受同期同類貸款利率的限制。

法律依據：

《最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第六條

當事人對墊資和墊資利息有約定，承包人請求按照約定返還墊資及其利息的，應予支持，但是約定的利息計算標準高于中國人民銀行發布的同期同類貸款利率的部分除外。當事人對墊資沒有約定的，按照工程欠款處理。當事人對墊資利息沒有約定，承包人請求支付利息的，不予支持。

《最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第十七條

當事人對欠付工程價款利息計付標準有約定的，按照約定處理;沒有約定的，按照中國人民銀行發布的同期同類貸款利率計息。