工程資質在哪個部門辦理要根據等級來劃分，不同的資質等級對應不同的申報部門。建筑工程施工總承包資質劃分為四個等級。工程資質是一個公司從事某項工程作業的資格，法律要求有相應的資質之后才可以承接工程作業。

《建筑業企業資質管理規定》

第九條 下列建筑業企業資質，由國務院住房城鄉建設主管部門許可：1、施工總承包資質序列特級資質、一級資質及鐵路工程施工總承包二級資質；2、專業承包資質序列公路、水運、水利、鐵路、民航方面的專業承包一級資質及鐵路、民航方面的專業承包二級資質；涉及多個專業的專業承包一級資質。

第十條 下列建筑業企業資質，由企業工商注冊所在地省、自治區、直轄市人民政府住房城鄉建設主管部門許可：1、施工總承包資質序列二級資質及鐵路、通信工程施工總承包三級資質；2、專業承包資質序列一級資質（不含公路、水運、水利、鐵路、民航方面的專業承包一級資質及涉及多個專業的專業承包一級資質）；3、專業承包資質序列二級資質（不含鐵路、民航方面的專業承包二級資質）；鐵路方面專業承包三級資質；特種工程專業承包資質。

第十一條 下列建筑業企業資質，由企業工商注冊所在地設區的市人民政府住房城鄉建設主管部門許可：1、施工總承包資質序列三級資質（不含鐵路、通信工程施工總承包三級資質）；2、專業承包資質序列三級資質（不含鐵路方面專業承包資質）及預拌混凝土、模板腳手架專業承包資質；3、施工勞務資質；4、燃氣燃燒器具安裝、維修企業資質。