本案不能以超過起訴期限駁回原告起訴，應判決確認被訴行政行為無效。理由如下：首先，本案原告關于無效行政行為的主張成立。《中華人民共和國行政訴訟法》第七十五條規定，行政行為有實施主體不具有行政主體資格或者沒有依據等重大且明顯違法情形，原告申請確認行政行為無效的，人民法院判決確認無效。本案被訴行政行為的實施主體是某開發區房屋管理委員會，不具有頒發房產證的法定職權。《中華人民共和國城市房地產管理法》第六十一條明確規定，在依法取得的房地產開發用地上建成房屋的，應當憑土地使用權證書向縣級以上地方人民政府房產管理部門申請登記，由縣級以上地方人民政府房產管理部門核實并頒發房屋所有權證書，而開發區房產管理委員會并不是法律規定的縣級以上地方人民政府房產管理部門，沒有頒發房產證的職權，其不具有頒發房產證的主體資格，頒證行為屬于無效行政行為。其次，根據行政行為效力理論，確認行政行為無效，不受起訴期限限制，無效行政行為是指已經成立的行政行為但由于重大、明顯違法而不具有公定力，從而自始、當然、確定不發生法律效力的行政行為。無效行行政行為在效力上表現為自始、當然和確定無效，即從行政行為做出時，無需有權機關宣告就不具有任何法律效力，公民也沒有尊重該行為的義務，并享有對該行為抵抗的權利，甚至在某些情況下，公民可以采取警告、逃脫等方式進行防衛和對抗；對于無效行政行為的救濟也不受時效的限制，相對人擁有無期限追訴權，即做出無效行政行為的機關和其他有權機關得隨時宣告或確認其無效，相對人也可隨時請求有權機關宣告或確認其無效。對該無效行政行為，做出機關即使事后進行了追認、轉換等補救措施，依然不能被法律所承認而變為有效。法律不可能因其起訴期限已過而承認其效力，這是對正義底線的突破，長遠而言對社會更為不利。因此，本案不應以超過起訴期限駁回原告起訴，應判決確認被訴行政行為無效。