公司與公司債務的應作如下處理：
1、違反法律、行政法規規定的債務無效，當事人因此取得的財產應當予以返還；
2、公司之間為生產、經營需要而產生的債務，如無民法典規定的無效情形，應當認定為有效，債務人應當按期履行債務。法律依據：《最高人民法院關于審理民間借貸案件適用法律若干問題的規定》第十條 法人之間、非法人組織之間以及它們相互之間為生產、經營需要訂立的民間借貸合同，除存在民法典第一百四十六條、第一百五十三條、第一百五十四條以及本規定第十三條規定的情形外，當事人主張民間借貸合同有效的，人民法院應予支持。