在以下標準下，妨害植物檢疫罪才能立案：
1、行為人非法調運、生產、經營感染重大植物檢疫性有害生物的林木種子、苗木等繁殖材料或者森林植物產品的；
2、非法處置疫區內易感動物或者其產品，貨值金額5萬元以上的；
3、非法處置因動植物防疫、檢疫需要被依法處理的動植物或者其產品，貨值金額2萬元以上的。法律依據：《最高人民檢察院公安部關于公安機關管轄的刑事案件立案追訴標準的規定（一）》第五十九條 違反有關動植物防疫、檢疫的國家規定，有引起重大動植物疫情危險，涉嫌下列情形之一的，應予立案追訴： （一）非法處置疫區內易感動物或者其產品，貨值金額5萬元以上的； （二）非法處置因動植物防疫、檢疫需要被依法處理的動植物或者其產品，貨值金額2萬元以上的； （三）非法調運、生產、經營感染重大植物檢疫性有害生物的林木種子、苗木等繁殖材料或者森林植物產品的； （四）輸入《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》規定的禁止進境物逃避檢疫，或者對特許進境的禁止進境物未有效控制與處置，導致其逃逸、擴散的。