農村合作醫療大病救助申請流程為：第一，疑似重大疾病患者須持社保卡到縣新農合重大疾病定點醫療機構就診，確診后可入院治療。第二，對于符合救治條件的重大疾病患者，定點醫院將在就診申請單上簽署意見，按照醫院規定及時收治入院。第三，患者在確診后3至4日內，要攜帶定點醫院的就診申請單、社保卡、代辦人身份證等相關材料，到參合地縣級新農合經辦機構辦理審核手續。第四，患者取得參合地新農合管理中心及縣(市、區)民政部門審批同意后，定點醫療機構應與患者簽訂單病種定額、按床日付費治療協議，承諾按臨床路徑或診療常規診療。

《中華人民共和國社會保險法》

第二十四條 國家建立和完善新型農村合作醫療制度。新型農村合作醫療的管理辦法，由國務院規定。

第二十六條 職工基本醫療保險、新型農村合作醫療和城鎮居民基本醫療保險的待遇標準按照國家規定執行。