公司合并中，往往會發生資本和公積金變化，因此合并合同中可以對其做出規定,在新設合并中，可在合同中對新公司預發行的股份總數、每股金額、股份種類等做出規定,吸收合并中，存續公司若增發新股，則可在合同中規定增發的數量、每股金額、股份種類等,因公司合并給公司董事帶來了重大變化，可能也涉及章程中關于董事條款的變化，因此，合同中應對董事的規定包括董事的選任、報酬等問題,在股票對價形式的吸收合并中，存續公司要增發新股、增加資本，進而引起公司章程的變更,在新設合并中，則要對新設公司章程的主要內容做出規定。