《民法典》規定事實婚姻離婚孩子撫養權糾紛與結婚登記的撫養權糾紛處理方式相同。若是有不滿兩周歲的子女，原則上由母親直接撫養。若是兩周歲以上的子女，應當協商，協商不了的，應當起訴，法院會根據雙方的實際情況，進行判決。

法律依據：

《民法典》第二十六條

父母對未成年子女負有撫養、教育和保護的義務。

成年子女對父母負有贍養、扶助和保護的義務。

第二十七條

父母是未成年子女的監護人。

未成年人的父母已經死亡或者沒有監護能力的，由下列有監護能力的人按順序擔任監護人：

（一）祖父母、外祖父母；

（二）兄、姐；

（三）其他愿意擔任監護人的個人或者組織，但是須經未成年人住所地的居民委員會、村民委員會或者民政部門同意。

《刑法》第二百六十一條

對于年老、年幼、患病或者其他沒有獨立生活能力的人，負有扶養義務而拒絕扶養，情節惡劣的，處五年以下有期徒刑、拘役或者管制。