處理商標侵權糾紛的主要方式包括：
1、雙方協商，雙方對于賠償的人數額和方式進行協商；
2、起訴，被侵權的一方向法院起訴；
3、請求工商行政管理部門處理。法律依據：《商標法》第六十條 有本法第五十七條所列侵犯注冊商標專用權行為之一，引起糾紛的，由當事人協商解決；不愿協商或者協商不成的，商標注冊人或者利害關系人可以向人民法院起訴，也可以請求工商行政管理部門處理。 工商行政管理部門處理時，認定侵權行為成立的，責令立即停止侵權行為，沒收、銷毀侵權商品和主要用于制造侵權商品、偽造注冊商標標識的工具，違法經營額五萬元以上的，可以處違法經營額五倍以下的罰款，沒有違法經營額或者違法經營額不足五萬元的，可以處二十五萬元以下的罰款。對五年內實施兩次以上商標侵權行為或者有其他嚴重情節的，應當從重處罰。銷售不知道是侵犯注冊商標專用權的商品，能證明該商品是自己合法取得并說明提供者的，由工商行政管理部門責令停止銷售。