公司變更股東監事人的程序是：1、據公司章程的規定和程序，提交監事的變更的提議；2、股東大會表決；3、股東會做出變更決議后，向原公司登記機關備案。股東擔任的監事由股東大會選舉或更換，職工擔任的監事由公司職工民主選舉產生或更換。

《中華人民共和國公司法》 第一百一十七條 股份有限公司設監事會，其成員不得少于三人。監事會應當包括股東代表和適當比例的公司職工代表，其中職工代表的比例不得低于三分之一，具體比例由公司章程規定。監事會中的職工代表由公司職工通過職工代表大會、職工大會或者其他形式民主選舉產生。監事會設主席一人，可以設副主席。監事會主席和副主席由全體監事過半數選舉產生。監事會主席召集和主持監事會會議；監事會主席不能履行職務或者不履行職務的，由監事會副主席召集和主持監事會會議；監事會副主席不能履行職務或者不履行職務的，由半數以上監事共同推舉一名監事召集和主持監事會會議。董事、高級管理人員不得兼任監事。本法第五十二條關于有限責任公司監事任期的規定，適用于股份有限公司監事。