根據醫療事故處理條例以及相關法律法規的規定，合法收集醫療事故證據要注意以下幾點：第一，收集證據要注意運用各種現代科學技術手段；第二，收集證據時要嚴格遵照法定的程序，嚴禁通過刑訊逼供的方式來收集證據；第三，要特別注意保護當事人的各種合法權利，切實保障權利實現。

《中華人民共和國醫療事故處理條例》

第一條　為了正確處理醫療事故，保護患者和醫療機構及其醫務人員的合法權益，維護醫療秩序，保障醫療安全，促進醫學科學的發展，制定本條例。

第二條　本條例所稱醫療事故，是指醫療機構及其醫務人員在醫療活動中，違反醫療衛生管理法律、行政法規、部門規章和診療護理規范、常規，過失造成患者人身損害的事故。

第三條　處理醫療事故，應當遵循公開、公平、公正、及時、便民的原則，堅持實事求是的科學態度，做到事實清楚、定性準確、責任明確、處理恰當。