根據當事人的描述，該中介公司可能涉嫌違法犯罪。營業執照是企業或組織合法經營權的憑證，分正本和副本，二者具有相同的法律效力，正本應當置于公司住所或營業場所的醒目位置，營業執照不得偽造、涂改、出租、出借、轉讓。中介公司利用當事企業的營業執照進行違法活動，一般不會追究當事企業的主要犯罪責任。中介公司還能不能找到人，與當事企業是否承擔法律責任并沒有太大關系。因為刑事責任必然要由違法行為的行為人來承擔。所以建議當事企業可以到公安經偵部門報案，由他們進行立案調查。但中介公司利用營業執照進行民事活動的（如簽訂合同），如構成表見代理（表見代理制度是基于被代理人的過失或被代理人與無權代理人之間存在特殊關系，使相對人有理由相信無權代理人享有代理權而與之為民事法律行為，代理行為的后果由被代理人承擔的一種特殊的無權代理），當事企業有可能需要承擔連帶責任。當事企業需要做的是保存好證據，如與中介公司的協議書等，以便后期向中介公司追償，也可向工商行政管理機構進行掛失補辦。當事企業的相關發票可以拿回來作廢重開。在本案中，當事企業也有一定過錯。當事企業沒有很好的起到監督作用，而是放任中介公司進行可能的違法犯罪活動，有一定責任。后期在相關部門追究責任時，當事企業也有可能受到如罰款等行政處罰，企業應該做好相關方面的準備。需要特別說明的是，因為當事企業的營業執照可能已經產生不法行為的記錄，那么當事企業就很難在原營業執照下繼續經營。所以建議當事企業重新成立公司并申請營業執照，以保證正常經營。如果當事企業還是想在原營業執照下繼續經營，那么就只能通過補辦、申請、說明等手續，重新領取發票并開具相應證件。