員工的工資由破產財產進行清償。公司破產，破產財產在優先清償破產費用和公益債務后，首先是補償員工應得收入。員工應得收入的支付順序：職工的工資和醫療、傷殘補助、撫費用，應當劃入職工個人帳戶的基本養老保險，醫療保險費用，以及法律、行政法規規定應當支付給職工的補償金。

《中華人民共和國企業破產法》 第一百一十三條 破產財產在優先清償破產費用和共益債務后，依照下列順序清償：1、破產人所欠職工的工資和醫療、傷殘補助、撫恤費用，所欠的應當劃入職工個人賬戶的基本養老保險、基本醫療保險費用，以及法律、行政法規規定應當支付給職工的補償金；2、破產人欠繳的除前項規定以外的社會保險費用和破產人所欠稅款；3、普通破產債權。破產財產不足以清償同一順序的清償要求的，按照比例分配。破產企業的董事、監事和高級管理人員的工資按照該企業職工的平均工資計算。