股權轉讓協議的法律風險及管控主要包括：
1、查詢目標公司重大債務的償還情況；
2、了解是否存在純義務性條款和其他限制性條款；
3、目標公司是否有正在進行的訴訟、仲裁及行政處罰；
4、調查是否存在影響目標公司合法存續的重大法律障礙等；
5、其他法律風險及管控。法律依據：《中華人民共和國公司法》第七十一條 有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。 股東向股東以外的人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應就其股權轉讓事項書面通知其他股東征求同意，其他股東自接到書面通知之日起滿三十日未答復的，視為同意轉讓。其他股東半數以上不同意轉讓的，不同意的股東應當購買該轉讓的股權；不購買的，視為同意轉讓。 經股東同意轉讓的股權，在同等條件下，其他股東有優先購買權。兩個以上股東主張行使優先購買權的，協商確定各自的購買比例；協商不成的，按照轉讓時各自的出資比例行使優先購買權。 公司章程對股權轉讓另有規定的，從其規定。